通过工程细胞重组技术生产的生物制品，在宿主细胞表达目标蛋白的同时，宿主细胞本身的蛋白质也会部分表达，产生相关杂质。残留的宿主细胞蛋白质(HCP)可能导致患者出现不可预测的免疫反应，因此需要通过工艺纯化使得终产品中的HCP的残留量尽可能低（<100ppm），并建立良好的方法来检测HCP。酶联免疫吸附试验（ELISA）是目前HCP检测的常见方法，然而开发特定工艺的专用ELISA试剂非常耗时（六个月以上）且开发成本昂贵，并只能测定HCP总量，而不能对每种蛋白进行鉴定和定量。其次，通用的ELISA试剂盒的专属性差，无法完全覆盖样品中全部HCP种类。LC/MS由于高分辨高灵敏度等优异性能，可对生物制品中的HCP进行全面鉴定和定量分析（定量下限可达1ppm以内，动态范围5-6个数量级）。对于生物制药而言，使用更加先进准确的分析方法，获得更加准确可靠的数据是至关重要的，更有助于通过申报与审批。
难点
LC/MS分析HCP最主要的难点在于结果的重现性和可靠性，要求高效液相及高分辨质谱本身具有的良好的重现性，在数据分析上也要进行严格筛选，三次重复实验中至少两次鉴定到该蛋白，且unique peptide≥2。HCP分析方法流程：使用Lilly礼来[1]的非变性蛋白酶解方法，将抗体和杂蛋白分离(smart digest试剂盒及KingFisher能够严格控温、且前处理高效)；高效液相色谱（使用常规液相即可得到理想的结果）及质谱的高度重现性使鉴定结果更加准确，Proteome Discoverer严格的数据筛选及Biopharma Finder深度表征分析，可定量<1ppm的蛋白，且重现性良好。
